Analiza conformationala

Analiza conformationala

Proprietatile fizice, chimice, biologie ale moleculelor depind de structura tridimensionala

Analiza conformationala: studiul conformatiei unei molecule si a influentei asupra proprietatilor

Conformatie: aranjarea spatiala ale atomilor care se pot obtine prin rotatii in jurul legaturilor simple. Totusi: distorsiuni mici ale distantelor de legatura si unghiurilor pot duce la modificari conformationale.

Cautarea conformationala

Identificare conformatiilor preferate ale moleculei, conformatii legate de comportarea moleculei.

Conformatii de energie minima: metode de minimizare. Dezavantaj: se obtine conformatia de energie minima cea mai apropiata de punctul de plecare

Metoda explorarii sistematice

Exploreaza sistematic spatiul conformational; de obicei intr-o grila.

Etape:

Se identifica legaturile in jurul carora se pot efectua rotatii.

Se fixeaza lungimile de legatura si unghiurile de legatura.

Se modifica fiecare unghi intre 0 si 3600, cu un increment fix

Fiecare configuratie generata este supusa minimizarii energetice

Dezavantaj major al cautariii sistematice: numarul foarte mare de structuri care trebuie generate si minimizate.

Se aplica la molecule mici sau fragmente de macromolecule (Peptide si oligozaharide cu <10 monomeri)

Dificil de aplicat la molecule (macro)ciclice

"Filtre"

"cutoff" de energie

Constrangeri de distante (din RMN, modele de farmacofori)

Constrangeri conformationale (analogie cu un set de componente)