Creeaza.com - informatii profesionale despre


Cunostinta va deschide lumea intelepciunii - Referate profesionale unice
Acasa » scoala » fizica
Mecanica moleculara

Mecanica moleculara


Mecanica moleculara

Mecanica moleculara (MM)

  • Pentru molecule mari calcule semiempirice nu mai pot fi aplicate eficient
  • MM foloseste expresii algebrice simple pentru calcul energetic fara a calcula funtia de unda sau densitate totala de electroni
  • Nucleele si electronii sunt vazuti ca un singur sistem (particula atomica), sferica, cu o anumita sarcina partiala

Metode QM/MM

  • Se imparte sistemul de simulart (exemplu: enzima-substrat) in doua regiuni:
  • Interioara (I) care contine fragmentele aflate in reactie. Reprezentare QM
  • Mediul biomolecular inconjurator (restul proteinei), regiunea II reprezentata prin MM

Hamiltonianul (energia totala)

H = HQM + HQM/MM + HMM


Hamiltonianul de cuplare dintre regiunile I si II

Variante

  • Regiunea I, tratata "exact"
  • Regiunea II, tratata "aproximativ"/semiempiric
  • Restul (regiunea III) tratata MM

Principala dificultate



Stabilirea parametrilor pentru zonele de trecere dintre regiuni

Tratare QM a unui intreg sistem proteic (proteina/solvent/substrat) este posibila cel putin in principiu

  • Cele mai primitatoare rezultate cu principiul divide si cucereste (studii DFT):

Se imparte un sistem in mai multe subsisteme

Densitate electronica a fiecarui subsistem reflecta proprietatile subsistemelor vecine ("mediu")

Exemplificare: Atomul de carbon

  • 2s22px2py
  • s este ocupat ("complet") de doi electoni

pe orbitalii px si py se afla doar cite un electron nenimperechiat

In consecinta doar 2 din cei patru electroni de valenta pot forma legaturi.





Politica de confidentialitate


creeaza logo.com Copyright © 2024 - Toate drepturile rezervate.
Toate documentele au caracter informativ cu scop educational.